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109.3 Índice de diversidade de espécies

  1. Construa uma função chamada "shannon" para computar o índice de diversidade de Shannon e outra função chamada "simpson" para o índice de diversidade de Simpson de uma amostra. Considere que:

    1. o objeto de entrada será um vetor contendo a abundância de cada espécie na amostra
    2. existe a possibilidade de haver dados faltantes nesse vetor ("NA"), os quais serão removidos para o cálculo dos índices.

    O índice de Shannon é dado por:

    e o índice de Simpson é dado por:

    onde é a proporção da espécie i em relação ao número total de indivíduos na amostra .

  2. Lembre-se: Não existe logaritmo de zero! Isso pode ser relevante para o cálculo do índice de Shannon!

  3. Agora considere que você coletou varias amostras de abundância das espécies em diversas comunidades e organizou esses dados em uma matriz, na qual as linhas representam espécies e as colunas representam diferentes amostras. Construa uma função chamada " diversidade", que retorna um vetor contendo um dos dois índices de diversidade (a ser escolhido pelo usuário), calculado para cada amostra.

    Lembre-se que:

    • Esta função deverá possuir dois argumentos: o primeiro deve representar os dados, e o segundo deve ser um parâmetro relacionado à escolha do usuário (e.g. indice), que poderá receber os valores "shannon" ou "simpson".
    • O objeto de entrada na função "diversidade" deverá ser uma matriz com a abundância das espécies nas linhas e amostras nas colunas.
    • Valores faltantes ("NA") nessa matriz deverão ser removidos para o cálculo dos índices.
  4. BÔNUS! Seria bacana se a função diversidade acusasse erro caso o usuário escolha um índice diferente dos esperados. Também seria bacana se o usuário pudesse usar apenas as primeiras letras para indicar o índice: "sh" para Shannon e "si" para Simpson. A função match.arg pode ser usada para fazer essas duas coisas! Descubra como...

 

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